หลังจากที่กษัตริย์เขมรหนีการรุกรานจากสยามและละทิ้งเมืองพระนครในปี พ.ศ. ๑๙๗๔ นครวัดซึ่งเคยเป็นเทวสถานในศาสนาฮินดู ได้รับการเปลี่ยนเป็นพุทธสถาน โดยมีการสร้างวัดภายในปราสาท ๒ วัด แม้ว่าเมืองพระนครจะถูกทิ้งร้างและปกคลุมด้วยป่า แต่ปราสาทนครวัดก็ยังคงได้รับการดูแลจากชาวบ้านหรือพระสงฆ์อยู่เสมอ
.
หนึ่งในกษัตริย์เขมรที่เกี่ยวข้องกับนครวัดคือ "พระพญาตู" ซึ่งมีตำนานรักที่นำไปสู่ความตายของพระองค์ ตามบันทึกในหนังสือ “ประวัติศาสตร์ของประเทศกัมพูชา” ในปี พ.ศ. ๒๑๗๒ พระราชบิดาของพระพญาตูเสด็จสวรรคตขณะพระองค์ทรงผนวช ทำให้พระอุทัย พระปิตุลา ได้ทำหน้าที่สำเร็จราชการแทน
.
หลังจากที่พระพญาตูลาผนวชแล้วขึ้นครองราชย์เป็น “สมเด็จธรรมราชาราชสมภาร” พระองค์มีพระราชกรณียกิจสำคัญในการยกทัพไปตีเมืองโคราชของสยาม แต่ไม่ประสบความสำเร็จ จนในที่สุดพระพญาตูถูกพระอุทัยปลงพระชนม์หลังจากมีความขัดแย้งเกี่ยวกับนางบุปผาวดี ซึ่งเป็นชายาของพระอุทัย
.
ตามพระราชพงศาวดารเขมรที่ศาสตราจารย์มาดแลน จิโต อ้างถึง เล่าว่าพระอุทัยแย่งคู่หมั้นของพระพญาตูคือ "เจ้าหญิงบุปผาวดี" และสมรสกับนาง จนกระทั่งวันหนึ่งที่พระพญาตูพบกับเจ้าหญิงที่นครวัดและเกิดการปฏิพัทธ์ที่บันไดของลานชั้นนอกของปราสาทนครวัด ทั้งสองพากันหลบหนี แต่ก็ถูกจับและประหารชีวิตในที่สุด